プラグインを使わずにFaviconを設置する方法です。
1.Favicon に使う画像を用意しファイル名を favicon.ico に変更。
2.Favicon 画像を使用中テーマのメインディレクトリに設置(/wp-content/themes/xxxx)。
3.header.php のタグの上あたりに以下のタグを記入。
<link rel="shortcut icon" href="<?php bloginfo('template_directory'); ?>/favicon.ico" />
以上!